Климатът на Нареченски бани е преходен между континенталния на Южна България и средиземноморския на нашите най-южни гранични области.
Той е мек и благоприятен за курортолечение, понеже селището е защитено от високите планински вериги, и се смекчава от минаващата през него река. Очертава се като умерено-щадящ климат.
Зимата е мека със слънчеви и ясни дни, особено през януари и февруари. Пролетта се характеризира с умерени валежи и с бързо настъпване на топло, почти безоблачно време. В края на март тук вече
разцъфтяват прасковите, сливите, игликата. Лятото протича-без изтощаващи горещини с прохладни нощи. Есента е топла и слънчева, почти без валежи.
Околните горски площи намаляват шума и пречистват въздуха, като отстраняват много от дразнителите на нервната система (шум, вятър, прах, горещина). Приятната зелена окраска на курорта, неговата тишина и светлите тонове на сградите подобряват също климатичните му условия, което влияе благоприятно върху самочувствието на болните: нервната система се уравновесява, изчезват явленията на умора, повишава се работоспособността.
Поради котловинния характер на местността и разположението на баните в речната долина са налице благоприятни условия за образуване на температурни локални обрати. Тъй като температурата оказва влияние върху много жизнени функции, сравнително неголемите денонощни разлики в курорта го правят подходящ за лечение на сърдечно-болни, болни с повишено кръвно налягане, с обща слабост и др. Въздухът се оценява като умерено-влажен и действа успокояващо на централната нервна система. Пейзажът е преимуществено ясен поради чистия въздух и оказва общо ободряващо въздействие, най-забележимо при болните с неврози. Рядко в долината пада мъгла.
Доброто повлияване на болни, подложени само на климатолечение, дава основание да се предположи, че въздухът в курорта има не по-малко оздравяващо действие върху организма и има голямо значение в цялостното лечение.
Значителна роля за обогатяване на двигателния режим играе теренното лечение, което е добре организирано в курорта. То се състои в дозирано ходене по пътеки с определен наклон (3 до 20 градуса) и по определени маршрути с пълноценно използване на климатичните особености на курорта и планинския пейзаж. Дава много добри резултати при лечението на сърдечно-съдовите и функционалните нервни заболявания.